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Oligo-DNA 偶聯(lián)試劑盒

                                                Oligo-DNA 偶聯(lián)試劑盒

                                                        Oligo-DNA 偶聯(lián)試劑盒

 

貨號

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品規(guī)格


CA101

BcMag? 快速 Oligo-DNA 偶聯(lián)試劑盒

100 mg 磁珠


CA102

BcMag? 快速 Oligo-DNA 偶聯(lián)試劑盒 

200 mg 磁珠


 

Cat#

Kit components

 

 

CA-101

5ml      Carboxy-terminated Magnetic beads.

5ml      2x suspension Buffer:

10ml     10x Washing Buffer

0.15 g    EDC(1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide) (Upon receipt store at -20°C)

 

CA-102

10ml     Carboxy-terminated Magnetic beads.

10ml     2x suspension Buffer:

20ml     10x Washing Buffer

0.3 g     EDC(1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide) (Upon receipt store at -20°C)

 

產(chǎn)品特性

組成

組成

磁珠大小

磁珠大小

磁珠數(shù)量

磁珠數(shù)量

磁力大小

磁力大小

磁力類型

磁力類型

有效密度

有效密度

穩(wěn)定性

穩(wěn)定性

濃度

濃度

結(jié)合能力

結(jié)合能力

儲存

儲存


這種快速寡核苷酸-DNA綴合方案提供了一種簡單有效的方法,用于將短寡核苷酸連接到DNA鏈上。

該方法適用于多種應(yīng)用,包括DNA標(biāo)記,引物延伸和DNA組裝。”

BcMag? Quick Oligo-DNA Conjugation Kit可以快速,有效地將寡核苷酸DNA固定到我們專有的磁珠上。為了更安全的連接,該試劑盒設(shè)計為使用交聯(lián)劑1-乙基-3-3-二甲氨基丙基)碳二亞胺(EDC,將氨基修飾的寡核苷酸共價固定到活化的羧基磁珠表面(圖1)。

操作流程

BcMag?快速Oligo DNA偶聯(lián)試劑盒的工作流程非常簡單方便。首先,將羧基磁珠清洗并重懸于緩沖液中。然后將氨基修飾的寡核苷酸與EDC交聯(lián)劑一起添加到磁珠溶液中。使反應(yīng)進行過夜孵育,在此期間寡核苷酸共價固定在磁珠表面。

 

 

 

 

然后將所得的磁珠-寡核苷酸結(jié)合物清洗,并重懸于緩沖液中,準(zhǔn)備用于下游應(yīng)用,例如PCR,雜交和測序。

特點和優(yōu)勢

l 快速、簡單的一步法操作過程

l 中性鍵---在羧基和氨基之間形成中性的酰胺鍵

l 穩(wěn)定的共價鍵,最小的配體泄漏

l 固定效率高

l 可根據(jù)需求調(diào)整試驗樣品體積大小,便與自動化操作

l 結(jié)果的可重復(fù)性好

應(yīng)用范圍
BcMag? 快速Oligo DNA偶聯(lián)試劑盒適用于多種應(yīng)用,包括PCR,雜交和測序。所得的磁珠-寡核苷酸綴合物可用于多種下游應(yīng)用,包括RNADNA測序,突變檢測和基因分型。

操作協(xié)議

此操作過程可以適當(dāng)?shù)姆糯蠡蛘呖s小

材料要求

l 磁力分離器(手動操作使用)

根據(jù)樣品體積,用戶可以選擇以下磁力分離器之一BcMag? separator-2可以容納兩個單獨的1.5 ml離心管(Cat.# MS-01); BcMag? separator-6可以容納六個單獨的1.5 ml離心管(Cat.# MS-02); BcMag? separator-24可以容納24個單獨的1.5-2.0 ml離心管(Cat.# MS-03); BcMag? separator-50可以容納一個單獨的50 ml離心管,一個15ml的離心管,以及四個1.5ml離心管(Cat.# MS-04); BcMag? separator-96可配套使用 96ELISA板或者96PCR(Cat.# MS-05). 對于大體積生物樣品純化可選用陶瓷磁體塊分離器6英寸x 4英寸x 1英寸氧鐵磁體塊,應(yīng)用磁體,Cat# CERAMIC-B8

l Corning 430825 細胞培養(yǎng)瓶適用于大規(guī)模純化(Cole-Parmer,  Cat#EW-01936-22)

l Mini  BlotBoy 3D搖床,定速型,小型10x 7.5平臺,帶平墊(Benchmark Scientific, Inc. Cat# B3D1008)或類似型號

A.  Oligo-DNA的準(zhǔn)備

1. 合成的oligo-DNA需要在35’端修飾添加氨基。(基因合成公式會提供這種服務(wù))

注:強烈建議在末端氨基和DNA序列之間的寡核苷酸DNA序列中添加10-15個額外的核苷酸,以克服設(shè)計目標(biāo)寡核苷酸-DNA序列結(jié)合時的空間位阻問題可用標(biāo)準(zhǔn)脫鹽或其他方法純化寡核苷酸DNA

2. oligo-DNA溶解在1x suspension buffer中濃度為5-10μg/ul(可選:從oligo-DNA溶液中吸取2-5μl,轉(zhuǎn)移到新的離心管中,并將管標(biāo)記為C1

B. 偶聯(lián)緩沖液的準(zhǔn)備: 

1.通過向1ml 的1x suspension buffer中添加19 mg EDC制備偶聯(lián)緩沖液(偶聯(lián)緩沖液必須在使用前現(xiàn)配現(xiàn)用

C.偶聯(lián)反應(yīng)

1.震動試劑瓶,徹底重新懸浮磁珠。

2.1ml磁珠(20mg/ml)轉(zhuǎn)移至試管中。將管放在磁力分離器1-3分鐘。保持試管留在分離器上的同時去除上清液。

3.磁力分離器上取下試管,并用1ml的suspension buffer磁珠徹底再懸浮。管放在磁力分離器1-3分鐘。保持試管留在分離器上的同時去除上清液。

4.重復(fù)步驟3一次

5.磁力分離器上取下管,并用200μl的coupling buffer徹底重新懸浮磁珠。將磁珠與步驟A.2制備的100-200μg 的oligo-DNA混合

6.珠在50°C下連續(xù)旋轉(zhuǎn)培養(yǎng)過夜。

7.將試管放在磁力分離器上1-3分鐘,當(dāng)液體澄清后,去除上清液。(可選:吸取2-5μl上清液,轉(zhuǎn)移到新的離心管中,并將管標(biāo)記為C2

8.用室溫溫度的1 mlwashing buffer 清洗磁珠,重復(fù)3次;再用65℃的d2H2O清洗2次。

9.在含有0.2%NaN3PBS緩沖液中以5 mg/ml濃度重新懸浮磁珠,并在4°C下儲存。

D.結(jié)合效率計算

1. 測量A260OD

結(jié)合效率(%) = [(C1-C2)/C1] x 100%

C1:未結(jié)和的oligo DNA溶液A260x稀釋倍數(shù)C2:結(jié)合oligo DNA溶液A260

2.或者使用使用熒光染料定量C1C2中核酸濃度。

相關(guān)文獻

1. Ferrier DC, Shaver MP, Hands PJW. Micro- and nano-structure-based oligonucleotide sensors. Biosens Bioelectron. 2015 Jun 15;68:798-810.

2. Sethi D, Gandhi RP, Kuma P, Gupta KC. Chemical strategies for immobilization of oligonucleotides. Biotechnol J. 2009 Nov;4(11):1513-29.

3. Zuo P, Ye BC. A novel immobilization strategy using oligonucleotide as linker for small molecule microarrays construction. Biosens Bioelectron. 2008 Jun 15;23(11):1694-700.

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